法律分析：企业与部门的合作关系应遵循相关法律法规，双方需明确各自的责任与义务。企业在与部门合作中应遵守法律规定，不得违反法律法规，保障公共利益和社会安全。
法律依据：
1.《公司法》第一百十四条：公司应当遵守法律法规，维护社会公共利益，不得从事违反法律法规或者社会公共利益的经营活动。
2.《中华人民共和国合同法》第二十：合同订立和履行，应当遵循公平、公正、诚信原则。
3.《中华人民共和国行政许可法》第七条：行政机关应当依据法律法规，严格按照法定程序和标准、程序、责任、限期、公开等原则进行行政许可。
总结：企业与部门合作需遵守法律法规，注重公平诚信，确保公共利益和社会安全，同时部门也需严格按照法定程序和标准进行行政许可。
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