证人因正当理由不能出庭时证言有效。根据相关法律规定，当事人申请证人出庭作证，在对申请审查后，发现证人出庭确有必要或者是有影响，应当履行出庭作证的义务。如果证人确有正当理由不出庭作证的，经过同意，可以向本愿提交证人证言，其证言将综合案件其他证据综合进行评判。
证人没有正当理由拒绝出庭或者出庭后拒绝作证，法庭对其证言的真实性无法确认的，该证人证言不得作为定案的根据。也就是说并非只要不出庭就不得作为定案根据。不出庭证词不会无效，只不过效力会减弱。特殊的情况，如为保证证人安全等因素而证人不出庭，经提前进行取证，对其所述可以证明真实的证言，在开庭时作为证言不会减弱其效力。
法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》第七十六条
经人民通知，证人应当出庭作证。有下列情形之一的，经人民许可，可以通过书面证言、视听传输技术或者视听资料等方式作证：
（一）因健康原因不能出庭的；
（二）因路途遥远，交通不便不能出庭的；
（三）因自然灾害等不可抗力不能出庭的；
（四）其他有正当理由不能出庭的。
